พิพิธภัณฑ์เริ่มก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2543 ตามแนวความคิดของ รองศาสตราจารย์ ดร.เสรีวัฒน์ สมินทร์ปัญญา และคณาจารย์ภาควิชาวิทยาศาสตร์ทั่วไป คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ เพื่อเป็นแหล่งความรู้ให้กับนักเรียน นิสิต นักศึกษา และประชาชนทั่วไป ในเรื่องของ หิน แร่ อัญมณี และซากดึกดำบรรพ์

          โดยนำเสนอความรู้ในเรื่องต่าง ๆ อาทิ ความหลากหลายและความแตกต่างของ หิน แร่ และอัญมณี ในด้านของลักษณะทางกายภาพ เช่น สี รูปทรง ตลอดจนคุณค่าของหิน แร่ และอัญมณีเหล่านั้นที่เราสามารถนำมาทำให้เกิดความสวยงาม โดยการเจียระไน แกะสลัก ฯลฯ

          ในพิพิธภัณฑ์ได้จัดแสดงตัวอย่าง หิน แร่ อัญมณี และซากดึกดำบรรพ์ รวมทั้งสิ้นกว่า 2,000 ตัวอย่าง ในส่วนของหินจัดแสดง หินอัคนี หินชั้น และหินแปร ส่วนแร่ ได้จัดแสงตาม หมู่ (Class) ของแร่ รวม 15 หมู่

          นอกจากนั้นยังได้จัดแสดงแร่ที่สำคัญ เช่น แร่ดิกไคต์ ซึ่งมีคุณสมบัติโดดเด่น สามารถแกะสลักเป็นรูปต่าง ๆ เกิดความสวยงาม สะท้อนให้เห็นถึงความสามารถและความประณีตของผู้ประดิษฐ์ได้เป็นอย่างดี และแร่อื่น ๆ ที่มีความสวยงามและสำคัญไม่แพ้กัน เช่น แร่ควอตซ์ แร่อัญมณีที่เจียระไนแล้ว เพื่อนำมาทำเป็นเครื่องประดับ